Program Czyste Powietrze, po reformie, budzi kontrowersje. Polski Alarm Smogowy alarmuje o "zapaści" programu, wskazując na drastyczny spadek liczby wniosków w porównaniu do poprzednich lat. Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej (NFOŚiGW) odpiera zarzuty, tłumacząc to okresem "rozbiegowym" i naciskiem na jakość wniosków. Po reformie programu, która miała na celu wyeliminowanie nadużyć, złożono znacznie mniej wniosków niż w analogicznych okresach poprzednich lat. NFOŚiGW argumentuje, że porównywanie do roku 2024 jest nieadekwatne ze względu na oczekiwanie zmian w programie, co spowodowało wzrost liczby wniosków na starych zasadach. Ponadto, Fundusz podkreśla, że liczy się jakość wniosków i realny efekt ekologiczny, a nie tylko ich ilość. Eksperci wskazują na problem braku zaufania do programu po wcześniejszych problemach z oszustwami i opóźnieniami w płatnościach. Rząd pracuje nad wsparciem dla oszukanych beneficjentów, którzy muszą oddawać pieniądze, których nie widzieli. NFOŚiGW apeluje do poszkodowanych o zgłaszanie się na policję lub do prokuratury, co ma być podstawą do pomocy i wstrzymania windykacji. Jednak konkretne rozwiązania wciąż są w opracowaniu.
